در مواردی که برگ تشخیص مالیات صادر و به مودی ابلاغ می شود، چنانچه مودی نسبت به آن معترض باشد می تواند ظرف سی روز از تاریخ ابلاغ شخصا یا به وسیله وکیل تام الاختیار خود به اداره امور مالیاتی و یا دبیرخانه هیات های حل اختلاف مالیاتی ذیربط مراجعه و با تکمیل فرم های مخصوص و ارائه دلایل و اسناد و مدارک کتبا تقاضای رسیدگی مجدد نماید.

در صورتی که برگ تشخیص مالیات به دلیل عدم حضور مودی در نشانی قانونی یا استنکاف از دریافت آن و یا به هر دلیلی به صورت قانونی ابلاغ شده باشد، واحد مالیاتی مربوط مکلف است نسبت به ارسال پرونده به دبیرخانه هیات ها( حداکثر ظرف مهلت یک هفته، پس از گذشت 30 روز از تاریخ ابلاغ مزبور) اقدام نماید. فرم اعتراض باید توسط مودی یا وکیل یا نماینده قانونی وی تنظیم گردیده و در قبال اخذ رسید حسب مورد به اداره امور مالیاتی یا دبیرخانه هیات های مربوط تسلیم شود. اداره امور مالیاتی یا دبیرخانه هیات ها مکلفند اعتراض مودی را در دفتر مربوط ثبت نموده و رسید ارائه نمایند.

مودیان مالیاتی که اعتراض خود را از طریق پست سفارشی ارسال می نمایند تاریخ تسلیم اعتراضیه به پست، تاریخ تسلیم به مرجع مالیاتی ذیربط محسوب می گردد.

اگر مودی اعتراض خود را به اداره امور مالیاتی ارائه کند، اداره مزبور مکلف است ظرف مدت 30 روز از تاریخ مراجعه مودی به موضوع رسیدگی و به یکی از اشکال زیر اتخاذ تصمیم نماید:

الف) در صورتی که دلایل و اسناد و مدارک ابراز شده مودی از طرف اداره امور مالیاتی موثر در تعدیل درآمد مشمول مالیات تشخیص داده شود و نظر آن اداره مورد قبول مودی واقع شود مراتب مستدلا در ظهر برگ تشخیص منعکس و پس از امضاء رئیس اداره امور مالیاتی مربوط و مودی و ثبت آن، جهت صدور برگ قطعی( حداکثر ظرف مدت 10 روز) و انجام مراحل وصول مالیات به واحد مالیاتی مربوطه ارجاع می شود.

ب) اگر اداره امور مالیاتی دلایل ابرازی مودی را موثر در تعدیل درآمد مشمول مالیات تشخیص ندهد و نظر آن اداره مورد قبول مودی واقع شود مراتب مستدلا در ظهربرگ تشخیص منعکس و با امضاء رئیس اداره امور مالیاتی مربوط و مودی و ثبت آن، جهت صدور برگ قطعی (حداکثر ظرف مدت 10 روز) و انجام مراحل وصول مالیات به واحد مالیاتی مربوط ارجاع می شود.

ج) اگر دلایل ابرازی مودی توسط اداره امور مالیاتی موثر در تعدیل درآمد مشمول مالیات تشخیص داده نشود و نظر آن اداره مورد قبول مودی واقع نگردد، مراتب مستدلا در ظهر برگ تشخیص منعکس و پس از امضاء رئیس اداره امور مالیاتی مربوط و مودی و ثبت آن، (حداکثر ظرف مدت 5 روز) پرونده جهت درخواست تعیین وقت از دبیرخانه هیات های حل اختلاف مالیاتی ظرف همین مدت و انجام امور قانونی بعدی به واحد مالیاتی مربوط ارجاع می شود.

در این مرحله مودی می تواند جهت احاله پرونده برای رسیدگی توسط هیات های حل اختلاف مالیاتی فرم اعتراض مخصوص را تکمیل و حداکثر ظرف مدت 10 روز به دبیرخانه هیات های مربوطه ارائه نموده و رسید دریافت دارد.